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DETALLE DEL EXÁMEN
Panel Gastrointestinal (PCR - FilmArray)
Sección: Microbiología
Código: MB030
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Descripción

El FilmArray® Panel Gastrointestinal es una prueba diagnóstica cualitativa, de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) multiplexada, diseñada para detectar simultáneamente secuencias específicas de ácidos nucleicos de 22 enteropatógenos, directamente de una muestra fecal obtenida de individuos con signos y/o síntomas de infección gastrointestinal. Con esta prueba se detectan las siguientes bacterias, parásitos y virus:

  • Campylobacter (C. jejuni/C. coli/C. upsaliensis)
  • Clostridium difficile toxina A/B
  • Plesiomonas shigelloides
  • Salmonella
  • Vibrio (V. parahaemolyticus/V. vulnificus/V. cholerae), incluida la identificación específica de Vibrio cholerae
  • Yersinia enterocolitica
  • Escherichia coli enteroagregativa (EAEC)
  • Escherichia coli enteropatógena (EPEC)
  • Escherichia coli enterotoxigénica (STEC lt/st)
  • Escherichia coli productora de toxina tipo Shiga (STEC stx1/stx2), incluida la identificación específica del serogrupo O157
  • Shigella/Escherichia coli enteroinvasiva (EIEC)
  • Cryptosporidium
  • Cyclospora cayetanensis
  • Entamoeba histolytica
  • Giardia lamblia 
  • Adenovirus F 40/41
  • Astrovirus
  • Norovirus GI/GII
  • Rotavirus A
  • Sapovirus GI/GII/GIV/GV
Utilidad Clínica

Este examen es para el diagnóstico etiológico rápido y simultáneo de infecciones gastrointestinales. Es especialmente valioso en las siguientes situaciones clínicas:

  1. Diarrea con sangre
  2. Diarrea con fiebre alta (39°C o más), si no hay una mejor explicación del origen de la fiebre
  3. Diarrea copiosa (10 o más deposiciones acuosas en 24 horas)
  4. Diarrea con deshidratación clínica al momento de la evaluación
  5. Diarrea persistente
  6. Diarrea intrahospitalaria
  7. Diarrea en pacientes debilitados o inmunosuprimidos
  8. En caso de brotes de gastroenteritis
Información Clínica

Esta prueba se basa en la capacidad del sistema FilmArray® para detectar en forma rápida y simultánea la presencia de los principales enteropatógenos que causan diarrea en sus diversas formas clínicas. La detección es específica porque el sistema apunta a secuencias propias del genoma de cada microrganismo, con un límite de detección mínimo que le confiere una elevada sensibilidad en condiciones clínicas. Una ventaja del sistema FilmArray® sobre otros similares es la rapidez para completar todo el proceso analítico: el tiempo que toma todo el proceso es aproximadamente una hora. El médico puede tener una información valiosa en muy corto tiempo, que le ayudará a tomar decisiones terapéuticas apropiadas. La reacción en cadena de la polimerasa (PCR) es actualmente la única forma disponible para detectar las cepas  diarreagénicas de Escherichia coli. Entre estas cepas el sistema FilmArray® detecta la presencia de E. coli productor de toxina shiga (STEC) que puede causar el síndrome hemolítico urémico si se administra inadvertidamente un antibiótico. La detección precoz de esta infección permite al médico prevenir oportunamente este devastador síndrome.

Muestra

Heces frescas, refrigeradas, colectadas en recipiente limpio sin contaminación con agua u orina. Para este examen, la muestra es estable hasta por 4 días a temperatura ambiente (< 24°C), pero es recomendable mantener la muestra en temperatura de refrigeración (4°C) hasta su llegada al laboratorio y procesamiento.

Recipiente

Frasco limpio, seco, de boca ancha y tapa hermética

Cantidad

Mínimo 5 g – Mayor cantidad si conjuntamente se solicitan otros exámenes

Preparación previa a la prueba

No se requiere

Contraindicaciones

Ninguna

Instrucciones para obtención y transporte de la muestra

Obtener la muestra en frasco limpio, seco, de boca ancha y tapa hermética. No colectar la muestra en recipientes que contengan formol o compuestos similares, iones metálicos, agentes oxidantes o detergentes. No mezclar la muestra con agua, orina, cremas, talco o sustancias desinfectantes. Colectar la mayor cantidad posible. En niños pequeños colocar el pañal al revés (por la parte no absorbente), cubrir la salida de la uretra con un trozo de algodón (para no contaminar la muestra con orina) y trasvasar la muestra al frasco. Muestras en pañal no son aceptables. Enviar la muestra al laboratorio inmediatamente después de su obtención en caja térmica con refrigerantes. Muestras de lugares fuera de Lima o que no pueden ser enviadas al laboratorio de inmediato deben mantenerse en refrigeración (4°C). La muestra es estable hasta por 4 días a temperatura ambiente (< 24°C). Si se dispone del medio de transporte Cary-Blair líquido (el Cary-Blair semi-sólido no es adecuado para esta prueba), la muestra se puede colocar en este medio para su envío al laboratorio.

Método de análisis

PCR multiplexada, anidada, que incluye las siguientes operaciones y procesos (en forma resumida): 1) purificación del ácido nucleico, 2) transcripción inversa y primera etapa de la PCR múltiple, 3) segunda etapa de la PCR y 4) análisis de la fusión del ADN.

Tiempo de entrega de resultados

Este examen se hace todos los días, excepto domingos o feriados; los resultados se entregan 2 a 3 horas, después de recibida la muestra. Si la muestra ingresa al laboratorio después de las 7:00 pm, de lunes a viernes, o después de las 5:00 pm los sábados, los resultados se entregan el siguiente día laborable.

Rango de resultados

Una vez concluido el análisis, los posibles resultados que el sistema presenta son:

Detectado: El análisis se ha completado correctamente, los controles de la bolsa son correctos y el ensayo o ensayos asociados con la interpretación fueron positivos.

No detectado: El análisis se ha completado correctamente, los controles de la bolsa son correctos y el ensayo o ensayos asociados con la interpretación fueron negativos.

N/A: No Aplica, patógeno no reportado (para E. coli O157 y EPEC solamente). Si el sistema detecta STEC, reporta EPEC como N/A. Si el sistema no detecta STEC, reporta E. coli O157 como N/A.

Interpretación de resultados
  1. Esta prueba es cualitativa y no proporciona valores cuantitativos de los microrganismos detectados en la muestra.
  2. Los ácidos nucleicos de los virus, bacterias y parásitos pueden persistir in vivo independientemente de la viabilidad del microrganismo. Adicionalmente, algunos microrganismos pueden ser portados asintomáticamente. La detección de un microorganismo con este sistema no implica necesariamente que dicho microrganismo sea infeccioso o sea la causa de los síntomas clínicos.
  3. Los resultados de esta prueba se deben correlacionar con los datos clínicos, epidemiológicos y cualquier otro que esté al alcance del médico que está evaluando al paciente.
  4. Debido a las altas tasas de portador asintomático de Clostridium difficile, especialmente en niños pequeños y en pacientes hospitalizados, la detección de la toxina A/B de C. difficile se debe interpretar de acuerdo a las recomendaciones de las guías clínicas.
  5. Aunque bajo, hay un riesgo de resultados falso-negativo si hay variantes en la secuencia del gen blanco para este sistema, o inhibidores de amplificación en la muestra, o un número inadecuado de microorganismos para amplificación.
  6. Los genes-blanco asociados con las cepas diarreogénicas de E.coli/Shigella tienen capacidad de transferirse horizontalmente entre cepas, de modo que un resultado que reporta el hallazgo de múltiples E.coli/Shigella diarreogénicas puede ser porque hay efectivamente co-infección con múltiples cepas o que se trata de una sola cepa que contiene características genéticas de otras cepas, como ocurrió en el brote por E. coli 0104:H4 del 2011 en Europa, que tenía determinantes genéticos tanto de STEC como de EAEC.
  7. Esta prueba detecta Campylobacter jejuni, C. coli y C. upsaliensis pero no diferencia entre estas tres cepas.
  8. Shigella dysenteriae posee el gen shiga toxin (stx) que es idéntico al gen stx1 de STEC. La detección simultánea de Shigella/E. coli enteroinvasiva (EIEC) y STEC stx1/stx2 en la misma muestra puede indicar la presencia de S. dysenteriae.
  9. La administración reciente de la vacuna contra rotavirus puede dar un resultado positivo a rotavirus con este sistema porque la cepa vacuna se excreta en las heces.
  10. Esta información es sólo para ser tomada en cuenta. El médico es el más indicado para decidir lo que se deba hacer en base a los síntomas, el cuadro clínico y el resultado de esta prueba.
Limitaciones y recomendaciones

Ver sección anterior

Horario de recepción de muestras

Lunes a Viernes de 7:00 AM a 8:30 PM
Sábados de 7:00 AM a 6:30 PM

Precio

Llamar al laboratorio (01-250-1884)

Referencias
  1. Vidal M et al. Single multiplex PCR assay to identify simultaneously the six categories of diarrheagenic Escherichia coli associated with enteric infections. J Clin Microbiol 2005; 43:5362–5. PubMed 16208019
  2. Espy MJ et al. Real-time PCR in clinical microbiology: applications for routine laboratory testing. Clin Microbiol Rev 2006; 19:165-256. PubMed 16418529
  3. Croxen MA et al. Recent Advances in Understanding Enteric Pathogenic Escherichia coli. Clin Microbiol Rev 2013; 26:822–80. PubMed 24092857
  4. Binnicker MJ. Multiplex Molecular Panels for Diagnosis of Gastrointestinal Infection: Performance, Result Interpretation, and Cost-Effectiveness. J Clin Microbiol 2015; 53:3723-8. PubMed 26311866
  5. Spina A et al. Spectrum of enteropathogens detected by the FilmArray GI Panel in a multicentre study of community-acquired gastroenteritis. Clin Microbiol Infect 2015; 21:719-28. PubMed 25908431  
  6. Buss SN et al. Multicenter evaluation of the BioFire FilmArray gastrointestinal panel for etiologic diagnosis of infectious gastroenteritis. J Clin Microbiol 2015; 53:915-25. PubMed 25588652
  7. Hanson KE et al. Multiplexed Molecular Diagnostics for Respiratory, Gastrointestinal, and Central Nervous System Infections. Clin Infect Dis 2016; 63:1361-7. Pub Med 27444411
  8. De Rauw K et al. Detection of Shiga toxin-producing and other diarrheagenic Escherichia coli by the BioFire FilmArray® Gastrointestinal Panel in human fecal samples. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2016; 35:1479-86. PubMed 27259710
  9. Stockmann C et al. Detection of 23 Gastrointestinal Pathogens Among Children Who Present With Diarrhea. J Pediatric Infect Dis Soc 2016; pii: piw020. PubMed 27147712

 

Ultima versión

Marzo 2017